L'ancien propriétaire a peut-être changé le pommeau du levier par un modèle 5 rapports

T'as essayé de passé une 6ème qui n'est pas gradué sur le levier ?
Seconde hypothèse : en 2009 il ne serait pas étonnant que ce soit un TDI 110 auquel cas c'est bien une boîte 5. La voiture serait donc mal immatriculée. Je serais toi j'en parlerais au vendeur et à l'assurance avant d'avoir des soucis...
Et je vérifierais la correspondance du numéro de châssis.